Ondas Invisíveis é um melancólico e violento thriller que retrata a fuga do desesperado Kyoji depois de matar a amante, Seiko. Seiko era também a mulher do chefe de Kyoji, Wiwat, que ao  descobrir o romance, contrata Kyoji para a matar.

Num cruzeiro para a Tailândia, onde Kyoji planeia ir para se esconder, conhece a bela e misteriosa Noi. Ela cativa de imediato Kyoji, mas as suas vidas já se encontram entrelaçadas de uma maneira que ele nunca imaginará.

Kyoji é dominado pela culpa dos seus actos e parece que até o seu ambiente o está a castigar. Não só a sua viagem para Phuket é apimentada por um silêncio ameaçador, mas quando chega à Tailândia os seus problemas tornam-se ainda mais mortíferos.
Kyoji cedo descobre a verdade sobre Noi, enquanto luta para sobreviver ao homem que o seu chefe enviou para o matar, bem como à culpa que originou esta viagem.

Kyoji eventualmente regressa a casa… irritado, magoado, vivo e à procura de vingança.